大佛之下蓮花底座內為千佛殿，內設密壇，位於如來殿上，完工於民國八十四年六月。
此殿目前為密壇行法專用之處，平時不開放參觀。殿內壁嵌釋迦牟尼佛像共九九九尊，加上頂上之大佛，共為千佛。
殿內佛像燁燁生輝，琉璃瓷磚為地，清淨莊嚴。千佛殿中的四根大柱子上坐著的便是大佛；佛是住劫世代的象徵，其他成劫、壞劫、空劫都沒有佛出現（釋迦牟尼佛是賢劫──現在世的第四尊佛），所以經典中形容佛難值遇，有盲龜浮於海，而值遇浮木孔的比喻，表示機遇萬劫難逢。
千佛殿內，中央的圓壇範圍就是梵密壇城，即使在大型法會中開放密壇時，參拜者也只能在外圍瞻仰打坐；圓壇周圍以木輪圍繞，參拜者於禮敬四拜後可以轉法輪祈福；壇內為金剛薩埵之行法處，閒人不能進入。
一位金剛薩埵的成就，必須完成淨身法、護身法、化身法和大手印法等四大法，才真正能具備金剛薩埵的條件，缺一不可。密壇平日不開放，但行法一日不間斷，金剛薩埵憑藉修持具有無比殊勝的功德；以手的結印、口的持咒、意的觀想三密加持而成就不可思議的力量，覆護虔敬之相應者。
密壇的結構，是依鏡壇的方式而建造，在鏡蓋的映射之下，重重無盡，讓壇場氣氛倍顯殊勝。密壇圓台上供奉五方佛、十八尊，這是印度、尼泊爾密教十八個不同的本尊；五方佛是：中央大日如來，表法界體性智；東方阿閃如來，表大圓鏡智；南方的寶生如來，表平等性智；西方為阿彌陀如來，表妙觀察智；北方為不空成就如來，表成所作智。
自千佛山開密壇以來，向來皆由 老禪師親任金剛薩埵，堪稱法會中最為難得殊勝之事，無論是壇場中的莊嚴氣氛，或是種種難以思議的相應，只有當時參與盛會者才能體會，點滴在心頭。雖然 老禪師向以禪為生死道本，然而民國二十八年， 老禪師獲能海大師傾囊相授古梵密法中的不傳之密，加以民國卅年初行腳參學時，曾於泰北隨印度比丘──讖托那庫瑪習古梵密法，因此奠定了老禪師一生於梵密的成就，具足四大法，成就金剛薩埵。
如今密壇平日行法，則由若峰法師擔任：若峰法師曾閉關習密三年，於梵密奠下良好基礎，擅於施放瑜伽燄口及護摩，現任千佛山菩提寺密壇壇主。
密壇瞻禮儀軌：
一、壇請保持靜肅
二、壇前皈敬四拜
1.南無金剛上師
2.南無佛
3.南無法
4.南無僧
三、往左行，順向，手轉經輪一圈
轉一輪，誦一聲佛號
請持誦（南無觀世音菩薩）或持誦（唵嘛呢叭彌吽）
平和安樂，事事順遂
四、隨喜供養，圓具福慧
五、請勿踏入內壇
六、請勿擅自攝影
壇儀圓滿，吉祥如意
