如來殿位於千佛山大佛下的第二層，完工啟用於民國七十九年八月。
進如來殿，除了莊嚴的佛像外，你會發現有好幾根大柱子橫在眼前，若問如來殿為何有四根特粗又大的柱子？老禪師會回答你：〝因為我不坐在上面〞！誰坐上面?!參！
如來殿是內院殿堂，為常住寺眾做早晚課的地方。
正面供奉釋迦如來坐相，如來左手邊為迦葉尊者，右手邊為阿難尊者，殿堂兩側共有六如來立像，此七如來亦可視為多寶如來、寶勝如來、妙色身如來、廣博身如來、離怖畏如來、甘露王如來，阿彌陀如來之代表，堪能饒益造福幽冥界的眾生。佛龕兩側各豎五幢藥師如來燈塔，供信者祈福延壽、消災解厄、開啟智慧功德之用。
殿前門楣處掛著方丈老禪師親筆題的〝如來殿〞三個大字的匾額，作為主殿，可見宣示了〝覺〞的重要。至於如來為什麼多為立像呢？那就請恕賣個關子，還是保留給各位自己去參參看吧！
每逢月初及月中，如來殿是常住大眾齊集拜願的地方，鐘鼓齊鳴，莊嚴梵唄，響徹雲霄，似是人天讚咏，歡欣交織。民國七十九年，老禪師曾在此殿首度公開傳授古梵密法，前來求法行者達四百多位，道心堅固，厚植菩提，十分殊勝。
